A mindössze néhány évtizeden át működő egyetem kapcsán nagyon kevés írásos dokumentum maradt fenn, működéséről alig tudunk valamit. Összesen négy tanár és hét diák neve ismert, akik közül ráadásul három diák neve csupán egy halálos kimenetelű összecsapás ügyén keletkezett írásból ismeretes. A négy általános középkori fakultásból (artes – bölcseleti –, jogi, orvosi, teológiai) csak az artes és a (kánon)jogi fakultás létezett bizonyíthatóan Pécsett. Az orvosira volt engedély, de nem valószínű, hogy valaha működött). A pápa a teológiai kar felállítását nem engedélyezte.

Az intézmény létrejöttében Koppenbachi Vilmos pécsi püspök szerepe kulcsfontosságú volt. Vilmos püspöknek az alapításban játszott meghatározó szerepére utal, hogy mindjárt az egyetem alapítását követően Pécsre tudott „csábítani” egy igen neves jogtudóst, Galvano di Bolognát. A bolognai származású tudós Padovában szerezte egyházjogi doktorátusát. 1362-től pécsi kinevezéséig a padovai egyetem egyházjog-tanára volt. Az 1370-es évek első felében a magyar uralkodót szolgálta diplomataként.

A pécsi studium generale a padovai egyetem felépítését vette át. Élén a mindenkori püspök állt kancellárként. Az ő kezében összpontosult a tulajdonképpeni hatalom, így ő gyakorolt joghatóságot a diákok és a professzorok felett, s ugyancsak ő kormányozta az intézményt. A sikeres vizsgát követően a kancellár adományozta az akadémiai fokozatokat a jelölteknek.

Az 1967-ben kezdődött Székesegyház körüli ásatások az Aranyos Mária-kápolnával együtt feltártak egy épületet a várfal és a Székesegyház között, amely a 11–14. század között a pécsi püspökök palotája volt. Ezt utoljára a 14. század második felében építették át. A Gerő Győző és G. Sándor Mária által vezetett ásatások során a püspök címerének előkerülése megerősítette, hogy az építtető személye az egyetemalapításban fontos szerepet játszó Vilmos püspök volt, aki feltehetően az egyetem létrehozása kapcsán alakíttatta át a korábbi palotát.

A felújított Középkori Egyetem épületét 2014. március 18-án adták át a közönségnek. A Magyar Nemzeti Vagyonkezelő Zrt. az egyetem és környezete rekonstrukciójához három év alatt mintegy 503 millió forintot biztosított. Az egyetem történetét bemutató kiállítást dr. Font Márta vezetésével a pécsi Középkori Egyetem Alapítvány készítette elő. A Pécs középkori emlékeit és gótikus szobrait bemutató kiállítás az „Értékes Pécs – Turisztikai attrakciók és szolgáltatások fejlesztése” tárgyú projekt keretében valósult meg.